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海关进口增值税认证抵扣的方法如下：
1、首先，登录所在地的电子税务局，在“我”要办税模块下找到税务数据账户，点击税务数据账户登录进去。在国家税务总局电子发票服务平台，找到抵扣类勾选，点击发票勾选确认，抵扣勾选。
2、其次，点击海关缴款书勾选状态点击未勾选，输入海关缴款书号码，填发日期起跟止的日期，点击查询。点查询之后下面就会出现抵扣的清单条目，根据公司的实际情况进行选择勾选抵扣的条目。
3、最后，勾选完之后点击提交勾选，点提交勾选抵扣勾选之后，就会弹出提示框，点击确认。下一步就到申请统计了，点到统计确认申请统计，统计完成之后点确认。
海关进口增值税专用缴款书抵扣操作流程：
一、实行海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关缴款书）“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（包括纸质资料和电子数据）申请稽核比对。
二、由于海关传递海关缴款书数据时限一般在缴款成功后10-25个工作日，我公司需先在电子口岸确认抵扣经营单位，客户先不要急上传海关缴款书。（最好在缴款书日期后25个工作日之后才上传比对）。
三、纳税人应按要求完整规范采集海关缴款书 海关缴款书号码在通关系统中共有22位，可抵扣的海关缴款书号码第20位必须是“L”。纳税人在采集海关缴款书时号码应完整规范录入，其中：数字、字母、符号以半角录入；大写英文字母“L”在内的22位号码必须填写完整；其中“—”不能以“/”代替；英文字母“L”一律为大写；通关系统开具的海关缴款书号码上行打印的括号和四位日期不属于缴款书号码，不应录入；开票日期应录入票面填发日期；如企业取得同一号码多张海关缴款书，税额应按末张海关缴款书最后一栏合计数录入。
四、纳税人可自行通过
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